Der Bau dieser Kapelle begann 1315 und im Jahre 1385 wurde sie von Papst Urban VI an das benachbarte Kloster Maria Magdalena abgegeben. Von daher auch der Name der Kapelle.
Während des Dreißig Jährigen Krieges wurde sie am 07.05.1631 erheblich beschädigt. Danach wurde sie erst im Jahre 1711 wieder aufgebaut und in 1715 neu geweiht.
In den Jahren 1846/1847 wurde die Kapelle restauriert und das Kreuzrippengewölbe ergänzt. Das bereits seit dem 16. Jahrhundert nicht mehr als Kloster genutzte benachbarte Magdalenenkloster wurde 1848 abgerissen. 1857 folgten die Sanierung des Turms der Kapelle und der Einbau einer Orgelempore.
Mit dem Beseitigen der Schäden des zweiten Weltkrieges begann man 1966 und wurde 1968 abgeschlossen. Mitte der 1980er musste nochmals Saniert werden, da unter anderem wegen der aufsteigenden Feuchtigkeit die Heizung der Magdeburger Magdalenenkapelle in Mitleidenschaft gezogen wurde.
Als Neuestes ist geplant, neben der Kapelle ein neues Prämonstratenserkloster zu errichten. Dieses soll zusammen mit der Universitäts- und künftige Klosterkirche Sankt Petri, dem Gemeindehaus und der Magdalenenkapelle einen umfassenden Atrium-Komplex bilden.